不吉な彗星レパルスの導きにより、黄金のリンゴに封印されていた争いの女神エリスが地上に降臨した。エリスは星矢の育った孤児院・星の子学園に勤める少女・相沢絵梨衣の肉体に憑依し、アテナを捕らえ、その精気を奪うことで完全復活することを目論む。アテナを救いに向かった星矢たち青銅聖闘士を待っていたのは、エリスの魔力で死の世界から甦った亡霊聖闘士（ゴーストセイント）たちだった。地上の運命とアテナの命を賭け、青銅聖闘士と亡霊聖闘士との戦いの幕が今、切って落とされた。