バカボン一家は、長男のバカボンと、自由人のパパに優しいママ、そして弟のハジメちゃんの４人家族。東京の 片隅で、毎日楽しく暮らしている。 ところが、そんな一家の元に、不審な男たちが次々と現れるようになる。 その正体は、悪の秘密結社・インテリペリ。彼らはなぜか“バカボンのパパの本名”を知りたがっており、あら ゆる方法でパパに近付くが、パパに翻弄されるばかりで一向に本名を聞き出せない。 そこでインテリペリの総帥・ダンテは、息子のバカボンからパパの本名を聞き出そうと目論む。 「子供と仲良くなるには、子供が一番だ。…特別な子供がな。」 そうして召喚されたのは、地獄へと堕ちた「フランダースの犬」の主人公、ネロとパトラッシュの魂だった！ 狙われたバカボンの運命は？ そして、バカボンのパパの本名に隠された秘密とは？ 天才バカボンと悪の秘密結社とフランダースの犬による、未曽有の戦いが始まる…