パキスタンで極秘任務にあたっていた国際機密部隊「G.I.ジョー」は、米大統領の裏切りにより組織解体の危機にさらされる。「G.I.ジョー」の弱体化を受け、テロ組織「コブラ」が再び勢力を拡大。ロンドンをはじめとした大都市が陥落していく。孤立無援に追い込まれた「G.I.ジョー」は初代司令官ジョーをリーダーに迎え、世界の危機に立ち向かう。