ある夜、橋の上で決闘を申し込まれた桂。体よくあしらおうとした瞬間、鮮血の中で桂が倒れた。 辻斬りによる被害が多発しているかぶき町。そんなある日、エリザベスが万事屋を訪ね、事の顛末と桂があの夜以来行方不明である事を話し、桂の探索と辻斬りについて一緒に調べてもらう様に依頼する。 一方で銀時はエリザベスの当面の依頼を神楽と新八に任せ、元から依頼されていた村田鉄矢・鉄子兄妹の下へ向かう。彼らの依頼は「盗まれた名刀・紅桜を取り返してほしい」。 村田兄妹の依頼を遂行する銀時と桂を探索する神楽・新八・エリザベス、二つの事案が複雑に絡み合い、遂に辻斬りの正体にまでたどり着く。そこには意外な人物がいた。