大人気のSFファンタジーTVアニメ『銀河鉄道999』のスペシャル編。その第2弾。 　銀河鉄道999号は海賊が出没する宇宙空間に備えて、強大な火力の装甲車輌を連結した。だがその装甲車輌を破壊し、鉄郎とメーテルを己の船に呼び込んだ者がいる。それは真紅のドクロを己の紋章とする、宇宙の女海賊クイーン・エメラルダス。メーテルとも深い絆で結ばれた女傑だった。だがメーテルは、目前のエメラルダスがいつもの彼女ではないと察知した！ 　TV版22話「海賊船クイーン・エメラルダス」を再構成した内容。今回は30分枠の挿話を、1時間枠の特別編にブローアップしている。松本零士世界の2大ヒロイン、エメラルダスとメーテルの過去の確執と友情が本アニメ版独自の視点で語られるほか、過去のエメラルダスの海賊の日々も描かれた。なお原型であるTV版第22話ではエメラルダスの声は谷育子だったが、本スペシャルではおなじみの田島令子が担当した。