マリと園児たちと共に東映太秦映画村を訪れたキン肉マン。だが突如起きた落雷によって、江戸時代にタイムスリップしてしまう。そこでは悪の超人・朱天童子が将軍の娘マリ姫を狙っていた。マリにそっくりなマリ姫を守るために朱天童子と戦うキン肉マンだったが、四天王を率いる朱天童子に敗北。しかしキン骨オババの力でキン肉マンの危機を知った正義超人たちも、江戸時代にタイムスリップしてきた。マリ姫を救うため、時代を超えた戦いが始まる。