『ゼイラム』の第二弾。再び地球を訪れたイリア。しかし敵の罠に落ち、イリアは絶体絶命のピンチに陥る。その時、イリアを助ける謎の生命体が現れる。それは“ゼイラム”を組み込んだ戦闘ロボットだった。ゼイラムロボットの働きによって敵の集団は全滅するが、その時に受けた攻撃によってゼイラムを抑制するユニットにキズが入る。再び暴走を始めるゼイラム。そして、かつてイリアと共に闘った神谷と鉄平もまた、はからずも闘いに巻き込まれていく……。