アメコミタッチの新ビジュアルで映画化した『ミュータント・タートルズ』の長編アニメ。ミケランジェロ、ドナテロ、ラファエロ、レオナルドの前に、ハエのスーパーフライを筆頭としたミュータント軍団が現れる。仲間がいたことを喜ぶタートルズだったが……。