8歳の誕生日を迎える少女ヘザーは『サイレントヒル』と言う街の悪夢に悩まされながら、父親ハリーと共に各地を転々とし逃げるような生活を続けてきた。 新しい学校への初登校の日、ヘザーは探偵を名乗る男ダグラスから「教団に居場所を教えてしまった。逃げろ。」と警告を受ける。直後にダグラスは殺され、ハリーも「サイレントヒルに来い」との血文字を残し行方不明となる。 ヘザーはハリーを助ける為、同じく転校生の少年ヴィンセントと共に呪われた街サイレントヒルへ向かうのだった。