悪名高き大海賊の手下になり、船に乗って航海に出たトム。ある日、トムは船に打ち上げられた謎の瓶を見つけるが、その中には宝の地図とジェリーが一緒に入っていた。2匹は魅惑の宝を手に入れるべく、協力してサルや大ダコ、海賊たちに立ち向かう。