西暦20XX年。サイボーグの存在は日常に溶け込み、人間と人工知能の共存生活は現代より一層濃密にシンクロしていた。しかし地球防衛のために開発した人工知能JUDA（ユダ）が、人間こそが地球の敵であると判断したことで、人間VSサイボーグの戦争が勃発。世界は壊滅的な状況に追い込まれた。 その戦いの中でサイボーグへと改造された早乙女クリスは、失われたかつての記憶をたどりながら戦いを続けていた。混乱のさなか、破壊兵器開発をもくろむ軍事企業「4thダイアモンド」、テロ組織「アルカロイド」、勢力に抵抗しながら平和を目指す自警団「レジスタンス」。三つ巴のの争いが始まる。