母を亡くして寂しい毎日を送る少年・透は、ある日浜辺で奇妙な卵からかえった子ガメを見つける。透はカメにトトと名付けて家に連れ帰るが、食堂を営む彼の家ではペットは厳禁。父に見つからないようこっそりとトトを育て始める。そんな矢先、なんとトトが空中に浮かび上がり、しかもその現場を年上の幼なじみ・麻衣に見られてしまう。彼女は、トトが33年前に人間を守った伝説の怪獣、ガメラの子どもではないかと言う。