ルパン三世との共謀の容疑で、銭形警部に逮捕令状が出される。それを知ったルパンはテレビに出演し誤報であることを伝えるが、誤解を解く代わりに特別なダイヤモンド「タイムクリスタル」を盗むはめになる。そのダイヤは、世界征服をも可能にするスーパー量子コンピューター・エミルカを起動するために必要なものだった。ルパンは見事ダイヤを盗むことに成功するが、仲間のはずの次元に奪われてしまう！　その頃ロンドンではショパンコンクール最有力優勝候補の少女・アリサが誘拐される。