全てのポケモンの“はじまり”と言われ、「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」の2つを持つ冒険者の前にだけ現れるという幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者がその行方を追う中、ついにある科学者がミュウの化石を発見し、それをもとに禁断の行為に手を染めてしまう。人間のエゴによって生み出された伝説のポケモン・ミュウツーは、自身の存在理由も分からないままに兵器としての実験を繰り返され、心の中に人類への憎悪の念を宿していく。