かつての機械帝国は滅び、人間の手で繁栄しているかに見えていた地球。だが、新たなる支配者が現れ、人々はその圧政に苦しんでいた。かつての英雄、鉄郎もいまや危険分子として幽閉されていた。鉄郎は脱走を試みるが、すぐに見つかってしまい、総督ボルカザンダⅢ世に処刑されようとしていた。その時、懐かしい汽笛の音が鉄郎に近づいてきた。メーテルを乗せて９９９が鉄郎を助けに来たのだ。１年ぶりの再会に感動する鉄郎とメーテル。取り上げられていた戦士の銃を再びメーテルから受け取った鉄郎は、再び遥かなる宇宙への旅立つのだった。