かの名探偵・金田一耕助の孫である高校生・一（はじめ）が難事件に挑む、金成陽三郎とさとうふみやすによる同題のミステリー漫画の劇場用アニメ化第1作。ホテル・オペラ座館のある歌島を訪れた一とガールフレンドの美雪たち。同ホテルの劇場では「オペラ座の怪人」の上演が控えていたが、殺人事件が発生。シャンデリアで劇団員の一人である聖子が圧殺されたかに見えるも、死因は絞殺だった。大嵐で離島と外界の連絡が断たれる中、一は事件に挑む。