冥界での死闘の後。冥王ハーデスの呪いによりすべての力を失った星矢は、アテナ・城戸沙織の介護のもとで静かに生活していた。しかしオリンポス十二神の月の女神アルテミスは、神に抗った星矢の抹殺のため、3人の天闘士（エンジェル）を送り込む。 沙織は星矢の命を救うため、女神の地位と地上世界の支配権をアルテミスに譲り渡す。地上の神となったアルテミスは地上への天罰として人類滅亡を企て、神としての力を失った沙織は自ら血を流すことで人類を守ろうとする。この未曾有の危機に、力を失ったはずの星矢が再び立ち上がり、紫龍、氷河、瞬、一輝もまたアテナのもとへと向かう。しかしその行く手を天闘士たちが阻み、さらにはオリンポス十二神のアポロンまでもが降臨する。全宇宙最強の神を相手に、人類の命運をかけた最大の闘いが始まる。