UNSC(地球軍)内で絶大な権限を持つ謎に包まれた部門、ONI(海軍情報局)の有能なエージェントであるジェイムソン・ロックの物語。ロックと彼の仲間は、地球から遠く離れた植民惑星セドラにおけるテロ活動の調査中に、生物兵器による凄惨な攻撃に見舞われる。ロック率いる ONI のエージェントたちは、戦闘経験は豊富だが、ONI に強い不信感を抱く現地指揮官、ランダル・エーケンと行動を共にすることを余儀なくされる。任務の過程で発見した古代の恐るべきアーティファクトをめぐる戦いに巻き込まれ、忠誠心と生死の狭間で究極の選択を迫られることになる。