物語はスカイウォールという巨大な壁で三つに分断された仮面ライダービルドの世界に、仮面ライダーエグゼイドの敵であるバグスターが出現する謎から始まる。存在しないはずの敵がなぜ居るのか。正体不明の敵に為す術なくその場に崩れる戦兎の眼前には、体の半分がメカに覆われた奇怪な人物が佇んでいた。科学者を名乗るその男が巨大なマシンを起動させると上空に突如として逆さになった世界が出現した。一方、エグゼイドの世界でも同じ現象が勃発。スカイウォールのある世界が、地上へ刻一刻と迫りくる。二つの世界が激突するまでに残された時間は、わずか24時間。消滅へのカウントダウンが始まった。