“Z”との戦いの末、ガッチャマンらヒーローたちはそれぞれの世界へ帰還した。だが程なく、平穏な日々を送る笑（エミ）の前に「力を貸してほしい」と再びガッチャマン＝健が現われる。2人が降り立ったのは、健の世界とはまた別の“科学忍者隊”が存在するパラレルワールド。2人はそこでテッカマン、ポリマー、キャシャーンと合流するが、再会を喜ぶ間もなく、彼らの前に敵となった科学忍者隊の創設者・南部博士が立ちはだかる。