パートナーである望月芽心が謎の男に傷つけられているのを見て、メイクーモンが再び暴走を始めた。一方、西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、現実世界に消えたメイクーモンこそが歪みそのもので、強大な力を持ちすぎた世界を壊す鍵であり、世界の調和を保とうとするホメオスタシスが、メイクーモンを切り捨てようとしていると、真相を明らかにしていく。現実世界に戻った「選ばれし子どもたち」は、デジモンとともにいるがゆえに人々から追われ、孤立無援の状態になりながらも打開策を探るが……