織田信長が天下統一に向かって突き進む中、信長の次男・信雄は伊勢国を掌握し、その隣国・伊賀国も支配しようとしていた。だが伊賀国に住んでいたのは外部の常識が通用せず、独自のルールに従って生きている“忍び”の面々で、お国という美しい妻がいながら非情かつマイペースで生きる忍者・無門もそんなひとり。そんなある日、信長の軍が伊賀国に本気で攻め込んできて、無門ら“忍び”の面々は全力をもって敵軍を迎え討つ。