『仮面ライダークロニクル』を巡る騒動が終結し、宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドたちは平穏な日常を送っていた。 そんなある日、突如として新種のバグスターウイルスによる大規模なパンデミックが発生した。時を同じくして謎の忍者集団が聖都大学附属病院を襲撃しこのウイルスをまき散らした。永夢たちはこの忍者集団を迎え撃つが、敵の攻撃により鏡飛彩 / 仮面ライダーブレイブや花家大我 / 仮面ライダースナイプたち、そして永夢が研修時代に出会った難病の少女・星まどかがウイルスに感染してしまう。ウイルスに感染しなかった永夢は忍者集団を率いる南雲影成 / 仮面ライダー風魔に挑むも、圧倒的な実力差から敗れてしまう。