人類への復讐心から地上を魔物の世界へ変えようと企む“ブラッドクイーン”こと最強の魔女ニムエ。極秘の超常現象調査防衛局（B.P.R.D.）の最強エージェント・ヘルボーイは、地球を守るべく決死の戦いを挑むが、彼女の魔力により世界を滅亡させてしまうほどのパワーを手にいれてしまう。やがてバトルは天変地異へとエスカレートする。