1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。