少女アリスは、父親が起こした事故によって母親と右腕を失って以来、自分の世界に閉じこもっていた。ある日、アリスは森で発見した大きな黒い立方体の中に、「彼らを信じないで！」と自分の筆跡でつづられた1通の手紙を見つける。それから間もなく父親が森で倒れていた姉弟を家に連れてくるが……。