人間には見えない深い森の中にある村で平和に暮らす妖精スマーフたち。だがある日、彼らを敵視する魔法使いガーガメルが村に侵入し、追い詰められたクラムジーと仲間たちは、青い月の夜だけに出現する不思議な穴に落ちてしまう。穴を抜けた彼らが出てきた先は、なんと大都会ニューヨーク。初めての人間界に驚きながらも好奇心いっぱいの彼らは、知り合った広告マン・パトリックの助けを借りて村に戻る方法を探る。