大都市ゴッサムシティ。敏腕検事だったデントは、法廷で硫酸をかけられた事件をきっかけに怪人トゥー・フェイスと化して悪事を働くように。一方、バットマンの表の顔、大富豪ウェインの会社で働く研究員ニグマは、自分の発明したマインドコントロール装置が無視されたことを逆恨みし、クイズで相手を翻弄する怪人リドラーに生まれ変わる。正義の味方バットマンは、多重人格の権威チェイス博士とこれら新たな敵に立ち向かっていく。