「暁の蜂起」のあと、地球に向かったシャアは、不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。 　一方、RX-78開発計画を推進するアムロの父テム・レイは、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士亡命の報を得て、月へ向かう。 　その月面のトワイライトゾーンで繰り広げられる人類史上初のモビルスーツの死闘。 　そして、時に宇宙世紀0079年——。 　地球から最も遠い宇宙都市サイド３はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。 　人類が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた——。