ゴジラシリーズ第27作。「ミレニアムシリーズ」第5作で、同シリーズ唯一の前作からの続編。ゴジラと機龍機龍＝メカゴジラの死闘から１年。機龍の整備士・中條義人とその叔父・中條信一の元にインファント島の小美人が現れる。彼女らはゴジラの骨から造られた機龍の存在を否定。このままでは、命をもてあそぶ人類に対してモスラが脅威となる可能性を警告する。そこにゴジラが出現。特生自衛隊はゴジラを品川へと誘導し機龍を出動させ、迎撃を試みるが・・・。