ゴジラシリーズ第24作、「ミレニアムシリーズ」第2作。1954年のゴジラ襲来により、大阪に首都を遷都した日本は度重なるゴジラ襲来により原子力発電を永久放棄していた。2001年、ゴジラ襲来に備え開発されたブラックホール砲“ディメンション・タイド”。だがその実験後、時空の歪みから現れた古代の巨大昆虫は卵を産み落とし、それは少年の手によって東京・渋谷に運び込まれた。卵から孵化した無数のメガヌロンは渋谷を水没させると、成虫のメガニューラに変態、日本に迫りつつあったゴジラと激突した。