ゴジラシリーズ第21作。「平成シリーズ」第6作。国連Ｇ対策センターでは、Ｇフォースによる対ゴジラ最新兵器ＭＯＧＥＲＡの開発である「Mプロジェクト」と、テレパシーによってゴジラをコントロールする「Ｔプロジェクト」の2つのプロジェクトが進行していた。そんな中、突如、宇宙の彼方から巨大な宇宙怪獣が飛来し、バース島でリトルゴジラを結晶体に封印。その後日本各地を襲撃して福岡へ上陸。巨大な結晶で周囲を埋め尽くす。その正体は、かつて宇宙へ飛散したG細胞から誕生したスペースゴジラであった。ついに迎撃に出動したＭＯＧＥＲＡと、鹿児島から九州へと上陸したゴジラは福岡に集結し、スペースゴジラとの頂上決戦が始まる！