佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。