ゴジラシリーズ第13作。１９７Ｘ年、アスカ島にて行われた地下核爆発実験によって、海底王国シートピアは絶滅の危機に陥っていた。人類への報復として、海底人たちはメガロを地上に差し向ける。更にはガイガンまで呼び寄せ、地上人に対する攻撃を開始するのだった。人類の危機を救うためゴジラが立ち上がり、ジェット・ジャガーと共闘。今まさに地上の平和をかけた戦いが始まる！