ホワイトベースは、再び宇宙へと飛び立った。ニュータイプとして覚醒したアムロは、ガンダムで迫りくるジオン軍を次々と撃破、すさまじい戦果をあげていく。運命の少女ララァの乗るエルメスと交戦したとき、アムロの精神は、激しく共鳴をはじめた。だが、その戦いは、恐ろしい悲劇につながっていく。ひとの革新とは本当にあるのか?果てしなき喪失感を越えて、アムロの還える場所は…。