宇宙世紀0079。宇宙植民地(スペースコロニー)サイド3はジオン公国を名乗り、連邦軍に独立戦争をしかけてきた。 サイド7に住む15歳の少年アムロは、ジオン軍の奇襲の中、モビルスーツ・ガンダムに偶然乗り込み、敵モビルスーツ・ザクを撃退する。 避難民を乗せたホワイトベースは、ジオン軍の追撃をかわし、逃避の旅を続ける。迫るジオン軍の赤い彗星シャア。大人はみんな死んだ。 生きのびたければ、やるしかない。アムロの意志が、ガンダムを飛翔させる!