東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」の一員と判明。 警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。同じ頃、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！