ゴジラシリーズ第14作。富士山麓でアンギラスを倒し、京浜石油コンビナート地帯にて破壊の限りを尽くすゴジラ。そこにもう一匹のゴジラが現れる。先に現れたゴジラは、地球侵略を目論むブラックホール第三惑星人が作り上げたメカゴジラだった。一方、沖縄でもキングシーサーが覚醒し、メカゴジラを倒すため、ゴジラと共に沖縄決戦に臨む！