1999年、地球に衝突した巨大隕石は海の大半を蒸発させ、同時に地球外生命体・ワームが隕石から出現、瞬く間に広範囲を支配した。人類は対ワーム組織・ZECTを設立。マスクドライダーシステムを開発し、戦場に投入した。 それから7年後の2006年。深刻な水不足に陥った地上でワームとライダーの戦いが続く中、ZECTに反旗を翻す一部メンバーが新組織・NEO ZECTを結成。ZECTはNEO ZECTの粛清に乗り出す。ZECTのライダー大和鉄騎＝ケタロス、矢車想＝ザビー率いる部隊に追いつめられるNEO ZECTの織田秀成＝ヘラクス、風間大介＝ドレイク、北斗修羅。そこへ天道総司＝カブトが乱入し、戦況は新たなる段階を迎える。 折しもZECTでは、巨大彗星が地球に接近する情報を掴んでいた。この彗星を引き寄せれば、地球に莫大な水を獲得でき、ZECTは益々権力を強めることができるのだ。ZECTは「天空の梯子」と呼ばれる軌道エレベータを用いて、「天空の梯子計画」を発令。天道よりこの情報を得たNEO ZECTも、ZECTの支配力増加を抑えるべく、計画の乗っ取りを画策する。