近未来の先進国X。36年前に人間によって作られたシークレット・チルドレンと呼ばれる3万人のクローンが、1年前の政権交代で大統領に就任した独裁者が掲げた「クローン廃絶運動」によって迫害を受け、絶滅に追い込まれつつあった。レジスタンス活動をするクローンのカップルなど、クローンたちは生き残るためにイチかバチかの行動を起こす。