巨人が牛耳る世界。高さ50メートルの防壁に囲まれた街、シガンシナ地区に暮らす少年エレンはのどかな日々を過ごしていたが、ある日、巨人が壁を越えたことから運命が一変する。巨人によって母親を失ったエレンは復讐（ふくしゅう）を誓い訓練兵団に入団。やがて兵士となり戦いに身を投じていくが……。