死者の脳をスキャンし、生前の記憶を映像化するMRIスキャナーが開発される。同システムを導入した第九こと科学警察研究所法医第九研究室が組織され、室長・薪剛の指揮のもとでさまざまな難事件が捜査されることに。第九に配属されたばかりの青木をはじめとする捜査官たちは、家族を殺害し死刑を執行された男の脳をスキャニング。事件発生時から行方不明になっている、彼の娘・絹子がナイフを手にした姿を捉えた映像を彼らは目にした。