ある日、一休みして昼寝をしていたサトシとピカチュウ一行。しかし、昼寝から目覚めたトゲピーが坂から転がっていってしまう。それに気づいたピカチュウ達はあわてて追いかけるもトゲピーはニャースと共に穴の中に落ちていってしまう。心配しているところにコダックの押し出しによってピカチュウ達も穴の中に落ちてしまう。出た先は、ポケモン達だけが暮らすポケモン谷であった。