森林伐採の現場監督の後藤裕一は森の中で古代遺跡を発見し埋め込まれていたメダルを外す。その遺跡は妖精のエリアス族のもので、昔、地球を滅ぼそうとした宇宙怪獣デスギドラを閉じ込めた封印だった。そうとは知らない裕一はそれを持ちかえり、娘・若葉にペンダントとして与えた。エリアス族末裔の小人姉妹に「エリアスの盾と封印の意味」を知らされた後藤一家は姉妹と共に紋別へ行くが、そこには巨大な岩隗が出現していた。大樹の協力でエリアスの盾を奪還した姉妹だが、ついに岩隗からデスギドラが復活してしまう。