子供たちとそのパートナーであるデジモンが悪の存在と戦う「デジモン」の新シリーズ映画第1弾。夏休みに両親に代わって沖縄へ墓参りに出かけたタカトは、凶悪なデジモンに襲われていた少女・ミナミを助ける。デジタルペットソフト“Vペット”の開発者の娘である彼女は、一台のノートパソコンをとりだした。そのなかにプログラムされていたのは、人類の滅亡を企むメフィスモンのウイルスを破壊するワクチンだった。メフィスモンを倒すため、タカトたちは仲間と協力して悪のデジモンと戦いを繰り広げる。