どこにでもいるごく普通の元気な小学生タカト。ある日、偶然に青いカードを手に入れたことからタカトが思い描いた通りのデジモン、ギルモンが誕生する。以来、最強のデジモンテイマーを目指した2人の二人三脚の冒険が始まった。そんなある日、正体不明の機関車のようなデジモン、ロコモンが東京・山手線に突如出現し、信号機をなぎ倒し暴走を続ける。大都市東京はかつてない大パニックに陥る。一体ロコモンとは何者なのか？そしてその目的は？すべてが謎に包まれたまま、タカト、ジェン、ルキはこの暴走特急に敢然と立ち向かうのだったが……。