いたずらが過ぎてトップハム・ハット卿に怒られてしまったトーマスは、いつもとは違う工事現場での仕事を命ぜられる。いやいや向かった先で突然線路が崩れ、トーマスは洞くつの底に落ちてしまう。そして中から海賊船が発見され、引き上げることに。海からその様子を伺っていたのは、船乗りのジョン。トーマスは、ジョンが海賊船の宝物を探しているという話を聞き協力するが、徐々にジョンの悪だくみが明らかになる。