ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。