宇宙の彼方から地球を征服するために飛来したバイラス星人。彼らは、まず邪魔者ガメラを排除すべく罠を仕掛ける。バイラス星人の宇宙船が茅ヶ崎でキャンプしていたボーイスカウトの少年、正夫とジムを人質にし、手を出せないガメラに脳波コントロール装置をセットしたのだ。ガメラはバイラス星人の操り人形と化し、破壊の限りを尽くす。続いてバイラス星人は、少年たちの命を盾に無条件降伏せよと人類を脅迫する。