理たち特別課外活動部はついに最後の大型シャドウを撃破する。情報によると、これで影時間も、そこに立つタルタロスの塔も消滅するはずだった。だが、戦いの終結に安堵する面々の期待をよそに、再び影時間は訪れる。困惑する一同がタルタロスに駆けつけると、そこには幾月理事長とアイギスがいた。明かされる衝撃の事実と訪れる悲劇、戦う理由を見失う仲間たち。その翌週、ふさぎ込む理の前に、謎めいた転校生・望月が現われる。